Vilija Saliene gimė 1972 m. sausio 6 d. Plynių kaime, Šakių rajone. Mokėsi Plynių pradinėje, vėliau - Lukšių Vinco Grybo vidurinėje mokykloje.
1995 m. ji baigė Vilniaus pedagoginį universitetą (dabar - VDU Švietimo akademija), įgydama humanitarinių mokslų magistro laipsnį ir gimnazijos lietuvių kalbos bei literatūros mokytojo kvalifikaciją. Nuo 1994 m. pradėjo dirbti Lietuvių kalbos institute Kalbos istorijos ir dialektologijos skyriuje, kur vėliau ėjo vyresniosios mokslo darbuotojos pareigas.
1996-2001 m. Vilija Saliene studijavo Vilniaus pedagoginio universiteto doktorantūroje. 2001 m. apgynė disertaciją tema „Šakių šnektos fonologinė sistema: prozodija ir vokalizmas“. Šis darbas yra svarbus indėlis į lietuvių dialektologijos tyrimus.
Nuo 2001 m. iki 2015 m. ji dirbo Vilniaus pedagoginio universiteto Lietuvių kalbotyros katedroje, kur ėjo asistentės, lektorės, o vėliau ir docentės pareigas. Jos mokslinė veikla glaudžiai susijusi su lietuvių kalbos tarmėmis, fonetika ir fonologija.
Vilija Saliene yra daugelio mokslinių publikacijų autorė ir bendraautorė, kurių temos apima įvairius lietuvių kalbos dialektologijos aspektus. Ji tyrinėjo Šakių šnektą, Kauno krašto aukštaičių tarmę, Klaipėdos krašto tarmių ypatybes ir daugelį kitų regioninių lietuvių kalbos variantų. Jos darbai dažnai nagrinėja fonetinius, fonologinius ir sociolingvistinius reiškinius.
2015 m. ir 2025 m. Vilija Saliene buvo apdovanota Šakių rajono savivaldybės Jono Jablonskio premija, kas liudija jos svarų indėlį į gimtosios kalbos mokslinius tyrimus.
Jos mokslinė veikla apima ne tik individualius tyrimus, bet ir aktyvų dalyvavimą tarptautiniuose projektuose ir monografijų rengime. Ji yra prisidėjusi prie tokių leidinių kaip „Lietuvių tarmės“ serijos knygų, „Baltų kalbų atlasas“ ir kitų svarbių kalbotyros darbų.
Vilija Saliene aktyviai dalyvavo ir vadovavo įvairiems kalbotyros projektams, skiriamiems lietuvių kalbos tarmių tyrimams. Jos darbai, paremti tiek instrumentiniais, tiek audiciniais tyrimais, padeda išsamiau suprasti lietuvių kalbos variantiškumą ir jo raidą.
Jos moksliniai interesai apima ir fonetinių terminų žodynėlių bei mokomųjų užduočių rengimą, kas prisideda prie kalbotyros mokslo populiarinimo ir studentų ugdymo.
Vilijos Saliene mokslinis darbas yra svarbus lietuvių kalbotyros mokslui, ypač dialektologijos ir fonetikos srityse. Jos tyrimai padeda išsaugoti ir suprasti turtingą lietuvių kalbos paveldą.
